На рубеже 1960—1970-х годов Сибирское отделение достигло своего расцвета. К этому времени региональный научный комплекс сложился организационно, в нем сформировалась широкая сеть научно-исследовательских институтов и были получены крупные результаты по всему спектру исследований. Достижения СО АН СССР приобрели широкую известность в стране и за рубежом. Одним из показателей этого стало официальное признание вклада сибирских ученых в развитие отечественной и мировой науки. Оно выражалось, в частности, в присуждении им наиболее авторитетных премий СССР — Ленинских и Государственных. Первым из сотрудников СО АН СССР в апреле 1960 года Ленинскую премию получил директор Института экспериментальной биологии и медицины СО АН СССР доктор медицинских наук Е.Н. Мешалкин — за разработку принципиально новой методики операций на сердце и крупных кровеносных сосудах. В 1962 году Ленинской премии удостоены кандидат физико-математических наук А.А. Дерибас, кандидат физико-математических наук В.М. Кузнецов, доктор технических наук Г.С. Мигиренко и доктор физико-математических наук М.М. Лаврентьев за исследования в области ме¬ханики. В 1963 году ее получил ректор НГУ академик И.Н. Векуа за монографию «Обобщенные аналитические функции». На следующий год премия вручена известному математику академику А.И. Мальцеву за работы по приложению математической логики к алгебре. В составе группы геологов Ленинская премия посмертно была присуждена доктору геолого-минералогических наук М.К. Коровину — сотруднику бывшего Западно-Сибирского филиала АН СССР — за научное обоснование перспектив нефтегазоносности Западно-Сибирской низменности и открытие первого в этой провинции Березовского нефтегазоносного района. В 1965 году Ленинскую премию получили сотрудники СО АН СССР член-корреспондент АН СССР Б.В. Войцеховский, доктор физико-математических наук Р.И. Солоухин и сотрудник Института химической физики АН СССР кандидат технических наук Я.К. Трошин за исследование детонации в газах. В 1966 году лауреатами стали доктор физико-математических наук Ю.И. Журавлев (совместно с другими учеными) за цикл работ по математической теории синтеза управляющих систем, а также большая группа ученых и производственников — за разработку научных основ, создание и внедрение в производство комплекса высокопроизводительных механизмов для бурения скважин в подземных условиях. Среди награжденных — сотрудники Института горного дела доктор технических наук Б.В. Суднишников, кандидат технических наук Г.И. Суксов, член-корреспондент АН СССР Н.А. Чинакал, кандидат технических наук Н.Н. Есин, кандидат технических наук А.А. Зиновьев, П.М. Емельянов, Л.И. Семенов и И.А. Купреев. В 1967 году Ленинскую премию получили академик Г.И. Будкер, член-корреспондент АН СССР А.А. Наумов, доктор физико-математических наук А.Н. Скринский, кандидат физико-математических наук В.А. Сидоров, доктор технических наук B.C. Панасюк из Института ядерной физики СО АН СССР за разработку метода встречных пучков для исследований в области физики элементарных частиц. В этом же году премии был удостоен палеонтолог член-корреспондент АН СССР Б.С. Соколов. В дальнейшем Ленинские и Государственные премии присуждались сотрудникам СО АН СССР почти ежегодно.

Большая группа ученых СО АН СССР была также удостоена высшей правительственной награды СССР — звания Героев Социалистического Труда. В апреле 1967 года, в год десятилетия научного центра в Сибири, звание Героя Социалистического Труда присвоено академикам М.А. Лаврентьеву, Г.К. Борескову, члену-корреспонденту АН СССР Н.А. Чинакалу за выдающиеся заслуги в развитии науки и организацию СО АН СССР. Одновременно эти звания по¬лучили начальник управления строительства «Сибакадемстрой» Н.М. Иванов и бригадир строителей Ф.В. Бирюляев. В 1969 году за большие заслуги в развитии науки Героями Социалистического Труда стали академики П.Я. Кочина, Л.В. Киренский (Красноярск), Л.А. Мелентьев (Иркутск), доктор геолого-минералогических наук Е.А. Радкевич (Владивосток). Правительственными наградами отмечены и многие другие сотрудники Сибирского отделения.