В начале 1990-х годов более 90 % российских научных учреждений имели бюджетные источники финансирования, т. е. наука практически полностью зависела от государства. В условиях обвального сокращения государственного бюджета резко уменьшилось финансирование научных исследований и разработок. К тому же на стартовом этапе реформ в российском политическом истеблишменте утвердилось представление «об избыточности отечественной науки». Признавалась необходимость радикально повысить эффективность расходов на науку, главным образом за счет сокращения кадрового состава. В начале 1990-х годов наука фактически оказалась исключенной из системы государственных приоритетов: акценты были сделаны на обеспечении финансовой стабилизации, реформировании экономического механизма и необратимости экономических реформ. Результаты научной деятельности не рассматривались в качестве инструмента для решения первоочередных задач, стоящих перед страной. Статистика начала 1990-х годов неумолима: доля расходов на науку с 1990 по 1992 год сократилась почти в 2 раза — с 5,1 до 2,3 %. С учетом роста цен реальные объемы финансирования сферы научных исследований и разработок в 1992 году по сравнению с предыдущим годом уменьшились почти в 3 раза. В 1992 году доля расходов на науку в России составила всего 0,57 % от ВВП, в то время как в США — 2,7, в Японии — 2,8, в Германии — 2,5 %. Таким образом, по этому показателю Россия значительно, почти в 6 раз, уступила всем развитым странам мира.

Ситуация с финансированием науки не изменилась к лучшему и в последующие годы. С 1993 по 1995 год доля ассигнований на научные исследования в стране в исполненной расходной части федерального бюджета упала с 2,49 до 1,8 %. К середине 1990-х годов при формальном росте объемов выделяемых на науку средств фактическое исполнение бюджета составляло лишь около половины от утвержденного. В 1994 году при бюджете науки в размере 5047,6 млрд руб. финансирование составило 2791,5 млрд руб. В 1995 году из предусмотренных 7455 млрд руб. выделено лишь 4941,6 млрд руб., или 66,3 %. В конце 1995 — начале 1996 года ситуация осложнилась: произошло уже не постепенное, а обвальное сокращение финансирования науки.

Кризис быстро охватывал всю отечественную науку. В течение 1991 года число научных работников в стране уменьшилось не менее, чем на 13 %. На следующий год этот процесс существенно ускорился. В итоге сокращение занятых в сфере науки в России составило: в 1992 году — 21,1 %, в 1993 году — 32,2, в 1994 году — 43,1 % к уровню 1990 года. С 1990 по 1996 год численность работников уменьшилась с 1943,4 тыс. до 990,7 тыс. человек, в том числе исследователей — с 992,6 тыс. до 484,4 тыс. человек.

Наиболее быстрыми темпами в начале 1990-х годов сокращалась вузовская и отраслевая наука. В силу того, что в условиях глубокого экономического кризиса промышленные предприятия перестали формировать пакет заказов на научные исследования и разработки, самые значительные потери понесли отраслевая наука и ее заводской сектор. Лишь за первую половину 1992 года кадровый потенциал отраслевой науки уменьшился почти на 18 %. В некоторых лабораториях отток кадров составил не менее 40 %. В итоге вузовская наука с 1990 по 1996 год сократилась по численности специалистов в 2,2 раза, отраслевая — в 2,3 раза. Финансирование отраслевой науки в связи с ликвидацией ведомств, в управлении которых находилось большинство отраслевых научно-исследовательских учреждений, фактически прекратилось. Большинство ведомственных НИИ были либо акционированы, либо закрыты. К середине 1990-х годов отраслевая наука как особый сектор научного потенциала страны, за исключением отдельных сегментов, относившихся к приоритетным областям военно-промышленного комплекса, фактически прекратила свое существование.

Сокращение академического сектора науки также было весьма значительным. Если в 1992 году оттока кадров из академической науки удалось избежать — произошло даже незначительное увеличение (на 0,4 %), в 1993 году количество работающих в академических учреждениях страны по сравнению с 1991 годом сократилось на 6,5 %. Всего с 1990 по 1995 год численность работников в академических научных организациях сократилась со 191 868 до 161 111 человек, в том числе в АН СССР — РАН — со 137 653 до 114 857 человек. Специалисты отмечали, что реальные темпы сокращения потенциала страны в сфере исследований и разработок в первой половине 1990-х годов опережали экстремальный прогноз, представленный в 1993 году Организацией экономического сотрудничества и развития (ОЭСР). Эксперты ОЭСР рекомендовали сократить кадровый потенциал России в сфере НИОКР, который в начале 1990-х годов составлял почти 2 млн человек по общему количеству занятых в этой отрасли, до 500-600 тыс. человек. В тот момент в российском научном сообществе это считалось совершенно невозможным и невероятным...

С начала 1990-х годов из науки в массовом порядке начали уходить высококвалифицированные и в то же время достаточно молодые специалисты, как правило, имеющие научные степени. Резко возросла эмиграция научных работников из страны. Среди ученых широко распространилось мнение о том, что «наука и родина альтернативны: если оставаться в России, надо уходить из науки, а оставаясь в науке, приходится покидать страну». По некоторым данным, в первой половине 1990-х годов из Российской Федерации на постоянное место жительства за рубеж уехали до 10 % научных работников. Только из состава РАН эмигрировали более 17 % исследователей. В дополнение к этому в науке сформировалась и так называемая контрактная эмиграция, когда временный отъезд исследователей для научной работы или стажировки оборачивался многолетним отсутствием или переменой постоянного места жительства. Например, на начало 1993 года в длительных командировках за границей находились более 1700 сотрудников РАН.

В связи с невозможностью приема на работу нового персонала, а также резким снижением престижа научного труда (заработная плата научных сотрудников зачастую не обеспечивала даже прожиточного минимума) стал быстро расти средний возраст научного персонала. Российская наука стремительно старела. По данным социологических исследований, проведенных в СО РАН, в начале 1990-х годов уровень жизни научных сотрудников упал в 5-6 раз. К 1993 году у 56 % сотрудников, занятых в науке, зарплата была меньше прожиточного минимума. Такая картина была типична для всего научного сектора страны. Многие научные учреждения и высшие учебные заведения в России были вынуждены временно закрыть аспирантуру. Резко сократилось число защит диссертаций. Все эти тенденции несли серьезную угрозу российской науке. К тому же они представляли собой полную противоположность тому, что происходило в развитых странах мира, где численность ученых росла или оставалась стабильной.