15 апреля 1996 года появился документ, имеющий самое непосредственное отношение к академической науке — был издан указ Президента России № 558 «О мерах по развитию фундаментальной науки в Российской Федерации и статусе Российской академии наук». Этот документ стал своего рода «охранной грамотой» для РАН на годы вперед. В Указе, в частности, говорилось: «В целях обеспечения надлежащих правовых гарантий и материальных условий развития фундаментальной науки в Российской Федерации, а также повышения роли и статуса Российской академии наук постановляю:

1. Установить, что:

— Российская академия наук является общероссийской самоуправляемой некоммерческой научной организацией;

— финансирование Российской академии наук осуществляется за счет средств федерального бюджета и иных источников, предусмотренных законодательством Российской Федерации;

— Российская академия наук проводит фундаментальные и прикладные научные исследования по важнейшим проблемам различных отраслей науки и принимает участие в координации фундаментальных исследований, осуществляемых за счет средств федерального бюджета».

Правительству Российской Федерации давались вытекающие из указаний Президента поручения. В частности, они касались утверждения перечня подведомственных Академии предприятий, учреждений и организаций и находящихся в федеральной собственности объектов, закрепленных за РАН на правах оперативного управления и хозяйственного ведения. Правительству предлагалось разработать и внести в Государственную Думу проект закона, предусматривающего льготное налогообложение РАН; при подготовке проектов федерального бюджета предусматривалось выделение отдельной строкой Российской академии наук, включая ее региональные отделения, средств на целевое финансирование фундаментальных научных исследований, а также на строительство объектов научно-производственного назначения и социальной сферы. Принципиальное значение имело и решение о качественном, в 1,5 раза, увеличении финансирования РАН. Главным отныне становилось стабильное наполнение и исполнение бюджета.

Президентский указ, как и федеральный закон о науке сыграли важную роль в сохранении статуса Российской академии наук.